הספר זיכרון ונשייה: סודן של מגילות מדבר יהודה מציג בפעם הראשונה לקורא העברי תיאור מקיף של מגילות מדבר יהודה. ביסודו מונחת הסברה ש-930 המגילות ששרדו, במלואן או בחלקן, שייכות לספרייה כוהנית שאבדה בתהום הנשייה, עקב מאבקים סוערים בין הגמוניות מתחרות במאות שלפני חורבן בית שני ולאחריו.

מגילות מדבר יהודה מבטאות השקפת עולם בהירה ומנומקת, המעגנת את הנגלה בנעלם. בספר נפרס תוכנן של המגילות ומודגש ייחודן הכוהני והמיסטי בהיותן עוסקות בזמן, במקום, בפולחן ובזיכרון מקודשים: הזמן המקודש קשור במחלוקת על מסורת הלוח, המקום המקודש קשור בוויכוח על מסורת המרכבה, הפולחן המקודש קשור בתפיסות שונות של מקום המלאכים והזיכרון המקודש קשור בפולמוס על השתלשלות ראשית הכהונה. הספר בוחן את טיבו של המאבק בין "הכוהנים הלויים בני צדוק" – נושאי זיכרון היסטורי שונה מזה המוכר לנו מנוסח המסורה וממסורת חכמים – לבין כוהני בית חשמונאי, בשתי המאות האחרונות לפני הספירה. הוא מסביר מדוע ספרייתם של הכוהנים בני צדוק, שומרי התורה שבכתב, הפכה בחלקה – בידי חכמי התורה שבעל פה – לספרים חיצוניים אסורים בקריאה, ומדוע היא נדחקה מן הזיכרון ונשכחה כליל עד שנמצאה באקראי במערות קומראן בשנים 1947–1956. במרכז הדיון עומד המאבק בין מסורות חלופיות ובין זיכרונות היסטוריים שונים בשלהי העת העתיקה – מאבק על תוקף, על סמכות ועל הגמוניה.