יונתן הוא פרופסור חבר במחלקה ללימודי המזרח התיכון באוניברסיטת בן-גוריון בנגב וראש החטיבה לשפה ותרבות ערבית. תחומי מחקרו העיקריים הם מקומהּ, מעמדהּ והוראתהּ של השפה הערבית בארץ, יחסי יהודים–ערבים בראי שפה ותרבות, וכן סוציולוגיה, פוליטיקה ופרקטיקה של  של תרגום מערבית לעברית. במכון ון ליר הוא יזם וקידם פרויקטים רבים ובראשם את הקמת מרכז מנאראת ליחסי יהודים–ערבים (2015) שאותו גם ניהל שנים אחדות. כיום הוא מנהל את חוג המתרגמים ומשמש עורך משנה של סדרת מכתוב, המוקדשת לתרגום ספרות ערבית לעברית. מתרגומיו מערבית: הולך על הרוח מאת סלמאן נאטור (הוצאת מכון ון ליר ועולם חדש, 2017); להתראות עכו מאת עלא חליחל (עם עובד, 2018).