פרופ' בשיר הוא עמית מחקר בכיר במכון ון ליר בירושלים ופרופסור חבר במחלקה לסוציולוגיה, מדע המדינה ותקשורת באוניברסיטה הפתוחה. בשיר מלמד תיאוריה פוליטית ותחומי מחקרו כוללים תיאוריה דמוקרטית, ליברליזם, אזרחות, לאומיות, דמוקרטיה התדיינותית, אי-צדק היסטורי והפוליטיקה של הפיוס, זיכרון השואה והנכבה, דה-קולוניזציה, לאומיות ומחשבה פוליטית פלסטינית, ואלטרנטיבות לחלוקה בפלסטין/ישראל. כתביו פורסמו באנגלית, עברית, ערבית, איטלקית וגרמנית.

במכון ון ליר ערך עם פרופ' עמוס גולדברג את הספר השואה והנכבה (2015), ועם פרופ' גיא בן-פורת ופרופ' יוסי יונה את הספר מדיניות ציבורית ורב-תרבותיות (2016). הוא חבר בוועדה המדעית של ההוצאה לאור של המכון ובעבר ניהל במכון את קבוצת המחקר "אלטרנטיבות לחלוקה".

מחקרו הנוכחי מתמקד בהצטלבויות בין "השאלה היהודית" לבין "השאלה הערבית" וההשלכות של הצטלבויות אלה על הפוליטיקה של פלסטין/ישראל, על הלאומיות הערבית ועל האִסְלָאמוֹפוֹבְּיָה והאנטישמיות באירופה. חלק ממחקר זה פורסם בספר The Arab and Jewish Questions שערך בשיר עם פרופ' לילה פארסך ושיצא לאור בשנת 2020 בהוצאת אוניברסיטת קולומביה בארצות הברית.