מכון ון ליר בירושלים מטפח מחקר בין-תחומי חדשני במדעי הרוח והחברה ומקדם דרכי מחשבה מקוריות להתמודדות עם סוגיות בולטות בציבוריות הישראלית, מתוך מחויבות לחברה צודקת, פתוחה ומשולבת במרחב האזורי. באמצעות פיתוח רעיונות חדשים ומציאת שיטות רעננות למחקר ולדיון, המכון שואף לעצב את סדר היום הציבורי בנושאים בעלי חשיבות מכרעת ומשמעות חברתית הנוגעים למוקדי מתח מרכזיים בחברה בישראל.
המכון מתמקד בארבע תמות מחקר עיקריות:
תמת קדושה, דת וחילון בוחנת שאלות ותפיסות יסוד של חילוניות ודתיות בהקשרים תיאורטיים כלליים ובהקשרים היסטוריים וחברתיים ספציפיים.
תמת מדע, טכנולוגיה וחברה מתמקדת באופן שבו ההתקדמות הטכנולוגית והמדעית משנה את העולם שלנו, מטשטשת את הגבולות בין המלאכותי לטבעי ויוצרת חברה חדשה.
תמת ישראל במזרח התיכון מנתחת את העבותות הפוליטיים, התרבותיים, החברתיים והכלכליים הקושרים את ישראל ואוכלוסייתה אל מדינות ואוכלוסיות אחרות באזור.
תמת אתגר החיים המשותפים חותרת להרחבת היריעה התיאורטית של המחקר הביקורתי אל מעבר לדקדוק הליברלי העומד בבסיסו, כדי לאפשר קריאה מעמיקה של המציאות החברתית המשוסעת בישראל ובעולם.
נוסף על התמות המכון עוסק בתחום מחקר נוסף:
תחום מגדר ופמיניזם מבקש לפתח חשיבה מעמיקה ורעיונות חדשים לקידום שינוי מחקרי וחברתי בתחומים אלה.
לצד כל אלו, במסגרת המכון פועלת האקדמיה ע"ש פולונסקי ללימודים מתקדמים במדעי הרוח והחברה, המטפחת חוקרים העתידים להיות מובילים בתחומיהם בהגות, ביצירת ידע ובפיתוח חברה טובה יותר. האקדמיה ע"ש פולונסקי מארחת פוסט-דוקטורנטים מצטיינים מהארץ ומהעולם, ומטרתה לתמוך בחוקרים, ולאפשר להם לפתח את מחקרם האישי ולקדם את מעמדם האקדמי בתנאי חממה.