ב-1997 הועבר גן לאומי עיר דוד מאחריותם של רשות הטבע והגנים )רט"ג( ומינהל מקרקעי ישראל )ממ"י( לידי עמותת "אל עיר דוד" )אלע"ד(. על צעד זה נמתחה ביקורת ציבורית מכמה היבטים: ראשית, בשל עצם ההפרטה של נכס לאומי; שנית, בשל היעדר שקיפות בתהליך ההפרטה; ושלישית, בשל הגוף שהועברה אליו האחריות לניהול הגן הלאומי. גן לאומי עיר דוד נתפס כנכס אסטרטגי, והוא מוקד עניין וחיכוך לשלוש הדתות המונותיאיסטיות. לפיכך בסוגיית ההפרטה של הגנים הלאומיים הוא מקרה מבחן בעל מאפיינים ייחודיים בהשוואה לאתרים אחרים בישראל. השיקולים בעד הפרטת גנים לאומיים: הפחתת ההוצאה הציבורית על אחזקתם; העברת הניהול לידיים מקצועיות יותר מאלו של רשות הטבע והגנים; הסדרה של מקרים שבהם גורם פרטי מחזיק בנכסים בשטח הגן הלאומי. השיקולים נגד הפרטת גנים לאומיים: יצירת תקדים להפרטת מוצרים ציבוריים ערכיים – אתרים ומוסדות שעל המדינה להמשיך ולהחזיק לצורך הבטחת האינטרס הציבורי והמינהל הציבורי; המומחיות של רט"ג בתחום זה; אי-החוקיות של אצילת ניהול גן לאומי לגורם פרטי; ניגוד עניינים של הגוף הפרטי; צמצום והטיה של הסיפור ההיסטורי של הגן הלאומי; היעדר שקיפות בענייני התקשרויות, קבלת החלטות וכספים; הפרת חובת קיום מכרז לפי תקנות חובת המכרזים; הפרת ההסכם מצד המפעיל הפרטי; פגיעה באורח החיים של התושבים שגרים בסמיכות לגן הלאומי עקב פיתוחו. ההמלצות לניהול גנים לאומיים גובשו ביחס לשלוש חלופות: חברה משותפת לפיתוח גן לאומי שחלקה בבעלות המדינה; ניהול מלא של רט"ג; וביזור סמכויות לרשויות מקומיות. להלן עיקרי ההמלצות: א. ניהול הגנים הלאומיים בישראל על ידי רט"ג בלבד; ב. קבלת החלטות בלתי תלויה של רט"ג; ג. שקיפות בתהליכי קבלת ההחלטות וההתנהלות של רט"ג; ד. הכללת מנגנונים של שיתוף אזרחים בתכנון גנים לאומיים ובפיקוח עליהם, שירחיבו גם את הפיקוח על רט"ג; ה. המשך עבודה עם נותני שירות פרטיים.