במכון ון ליר בירושלים יש מחויבות מתמשכת לטיפוח מערכת חינוך שוויונית ואיכותית המקדמת את ערכי הדמוקרטיה. פעילות המכון בתחום החינוך בשנים האחרונות עסקה בין השאר בפיתוח חומרי לימוד להוראת אזרחות, גיבוש ליבה חינוכית משותפת לכלל התלמידים במערכת החינוך, הנגשת ההשכלה הגבוהה לחברה הערבית, טיפוח קריאה בגיל הרך בחברה הערבית, ניתוח מגמות של הפרטה במערכת החינוך ועוד. פירות המחקר ראו אור בספרים ובפרסומים מחקריים שונים, בחוברות לימוד ובניירות עמדה ודיון.