בשנת 2003 החליטה ממשלת ישראל על שינוי מבני בענף הנמלים. עיקרו של השינוי: הפיכת הנמלים חיפה, אשדוד ואילת, שנוהלו עד אז במסגרת רשות הנמלים, לשלוש חברות נמל ממשלתיות עצמאיות שיופרטו בהדרגה. נוסף על כך, הוקמה חברה ממשלתית חדשה שתפקידה לנהל את נכסי הנמלים, להחכיר שטחים ולפתח את הנמלים. בד בבד עם הקמת החברות החדשות הוחלט על הקמת רשות רגולטורית במשרד התחבורה שתהיה אחראית על תכנון ארוך טווח של ענף הנמלים ועל הסדרת הפעילות בו. בשנת 2004 הושלם תהליך החקיקה, ובשנת 2005 הסתיים שלב א של הרפורמה: חברת הניהול, חברות הנמל והרשות הרגולטורית החלו לפעול.הדגם שבחרה ממשלת ישראל לניהול ענף הנמלים נקרא דגם "בעל הבית", כלומר המדינה היא בעלת הבית המספקת את המוצרים הציבוריים לזכיינים הפועלים בשטח הנמל. ניהול נמלים לפי דגם זה מקובל במדינות רבות משנות התשעים של המאה העשרים, והוא נחשב לדגם שמאפשר את השגת מטרות הרפורמה – הגברת היעילות, שיפור השירות, הוזלת תעריפים וחיסכון משקי – בדרך הטובה ביותר. עד כה לא הושגו מטרות הרפורמה, והתשובה לשאלה מיהו בעל הבית בנמלי ישראל בדרך כלל לא תהיה המדינה. לפיכך מן הראוי לבחון את האצת תהליכי הרפורמה ב"חברת נמל אילת" בהקשר הכללי של הרפורמה בנמלי הים. בנייר עמדה זה נסקור את התפתחות ניהול הנמלים בישראל; נתאר את מערכת יחסי העבודה בנמלי ישראל, שהיא נקודת מפתח ליישום כל רפורמה במבנה הנמלים ולהתייעלותם; נבחן את מידת היעילות של הנמלים; נציג את הדגמים המקובלים בעולם לניהול נמלי ים, ונתעכב על דגם בעל הבית שאומץ בישראל, שמסמן גבול ראוי בין הממשלה, המספקת את המוצרים הציבוריים, משכירה נכסים ומפקחת על השימוש הנעשה בהם, מתחזקת, מתכננת ומפתחת את הנמלים, ובין המגזר הפרטי, העוסק בפריקה ובטעינה של סחורות ומטפל בהעלאה ובהורדה של נוסעים; נבחן את יישום הדגם בישראל ונצביע על הכשלים ביישומו; נחתום בהמלצות להמשך ביצוע הרפורמה בנמל אילת ובכלל הנמלים בישראל, מתוך הקפדה על הבחנה בין תפקידי המגזר הציבורי לתפקידי המגזר הפרטי.