פרופ' גבריאל מוצקין עמד בראש מכון ון ליר בין השנים 2007 ל-2016. הוא פרופסור אמריטוס של הקתדרה לפילוסופיה ע"ש אחד העם באוניברסיטה העברית, ומרצה בחוגים להיסטוריה ולספרות גרמנית. הוא כיהן כדיקן הפקולטה למדעי הרוח (2001–2004), ועמד בראש מכון פרנץ רוזנצווייג לספרות גרמנית-יהודית ולהיסטוריה תרבותית (1996–1999 ו-2006–2007). 

בשנים 2018–2019 כיהן פרופ' מוצקין כמרצה אורח להיסטוריה במכון לטכנולוגיה של קליפורניה, ובמקביל גם כעמית אורח בספריית הנטינגטון. ב-2019 כיהן כעמית אורח במכון הטכנולוגי של ציריך (ETH).

פרופ' מוצקין היה בעבר עמית במכון מקס פלאנק להיסטוריה של המדע, בקרן סימנס, במכון מקס פלאנק למדעי הקוגניציה והמוח, בפורום איינשטיין, במכון וינר באוניברסיטת תל אביב, במכון למחקר מתקדם בברלין (Wissenschaftkolleg) ובמרכז למחקר בין-תחומי בבילפלד. 

הוא כיהן כמרצה אורח או כחוקר אורח בבית הספר ללימודים גבוהים במדעי החברה בפריז (EHESS), באוניברסיטת גיסן, באוניברסיטת אמסטרדם, באוניברסיטת קונסטנץ ובבית הספר למשפטים ע"ש קרדוזו בישיבה יוניברסיטי.