ד"ר שיפר היא עמיתת מחקר בכירה במכון ון ליר. מחקרה מתמקד בפיתוח מודלים של משילות משולבת בתחום החינוך, וכן בשאלות של מדיניות חינוך, הפרטה ורגולציה של תחומים במערכת החינוך וניהול מערכות חינוך ברשויות המקומיות בישראל. 

שיפר כיהנה כנשיאת קרן מנדל-ישראל (2010–2012), ייסדה את מרכז מנדל למנהיגות בנגב והייתה מנהלת המרכז (2004–2010), וכן ניהלה את מכון מנדל בירושלים (1999–2003). כיהנה בתפקיד המדענית הראשית בנציבות שירות המדינה (1995–1996) והייתה הממונה על הביקורת על משרד החינוך במשרד מבקר המדינה (1987–1993). עסקה במחקר ובהוראה באוניברסיטת בן-גוריון בנגב בתוכנית לניהול מלכ"רים (2004–2009) וערכה את כתב העת האקדמי חברה אזרחית ומגזר שלישי בישראל. 

בשנים 2013–2020 הובילה שיפר במכון ון ליר בירושלים את התוכנית לפיתוח מודלים של משילות משולבת ברשויות מקומיות.