מכון שפינוזה הוקם ב-1987 על ידי פרופ׳ ירמיהו יובל ז״ל (1935–2018) במטרה לעודד ולקדם מחקר על הגותו של ברוך שפינוזה ומקורותיה, על אישיותו, על ההיסטוריה האינטלקטואלית של זמנו, על השפעתו בדורות שלאחריו ועל האקטואליות של הגותו לימינו. לצד זה יזם המכון שיח ציבורי בשאלות הנוגעות לקיום היהודי והישראלי במתח שבין דת ומדינה, רוב ומיעוט, סובלנות פוליטית, זהות ישראלית ועוד.
בשנת 2010 הועתקה פעילות מכון שפינוזה אל מכון ון ליר בירושלים והיא נמשכת במכון במסגרת מרכז שפינוזה, בניהולם של פרופ' פיני איפרגן וד״ר דרור ינון.
מטרתו של מרכז שפינוזה במכון ון ליר לקדם מחקר פילוסופי תיאורטי בינלאומי בהגותם של שפינוזה ובני זמנו ובהשפעותיהם, וכן מחקר של פילוסופיה אירופאית מודרנית. לצד זה, המרכז מחויב לקידומו ולפיתוחו של שיח אינטלקטואלי ציבורי הדן בסוגיות הנוגעות לחיים במרחב הציבורי, מתוך הכרה בחשיבותו במדינה דמוקרטית.