שאלות בדבר חופש דת, הזכות לחופש מהדת ועצם ההגדרה של הדתיות והחילוניות נמצאות כיום בלב הדיון הציבורי בעולם כולו. חזרתה של הדת למרכז הדיון הציבורי מאתגרת את החברה וגורמת לתחושת איום על הסדר הליברלי והחילוני. בישראל, שאלות אלו נמצאות בלב המאבקים הפוליטיים והחברתיים, והשסע הדתי–חילוני נחשב לאחד השסעים המרכזיים בחברה.
אולם, המושגים שמשתמשים בהם כדי לנתח את הדתיות ואת החילוניות הם בדרך כלל מושגים חד ממדיים ודיכוטומיים. המאבק בין דתיים לחילונים נתפס כמשחק סכום אפס, שבו מדינת ישראל נתפסת כמי שמתדרדרת במדרון חלקלק לכיוון מדינה לא דמוקרטית הנשלטת על ידי אתוס דתי וחוקי הלכה, או לחלופין כמי שמאבדת בהדרגה את מאפייניה כמדינת היהודים. הוויכוח בנושא נעשה בדרך כלל במונחים לא ביקורתיים ואינו לוקח בחשבון את המחקר על דת וחילוניות.
תמת "קדושה, דת וחילון" מציעה דרכים חדשות להבין ולהסביר את האתגרים הללו. למול התפיסה הדיכוטומית של הדתיות והחילוניות, התמה מציגה גישה הרואה מֵעבר למתח המיידי והמקומי והמאבקים הפוליטיים. היא מבקשת לחבר בין המחקר לבין הדיון הציבורי, ולגשר בין חשיבה תיאורטית ופילוסופית לבין האתגרים של המציאות החברתית והדתית. התמה מציעה תפיסה הוליסטית, רב תחומית ולא בינארית של המתח הדתי–חילוני, ומאפשרת חשיבה מחדש על צורות שונות של חילוניות, קדושה ודתיוּת בתרבות.
נקודת המוצא המחקרית של התמה היא "ביקורת החילון". פרספקטיבה זו טוענת כי עליית הדת בעשורים האחרונים היא תופעה מורכבת ולא חד ממדית. זוהי תופעה המלוּוה בד בבד בהגברת הליברליזציה והחילון ברחבי העולם. בהתאם לביקורת זו, התמה מעודדת שינוי בחשיבה על התרבות הפוסט-חילונית. היא מציעה לחשוב עליה כתרבות שבה הגבולות בין מה שמוגדר כדתיות לבין חילוניות מטושטשים ללא הרף. התרבות הפוסט חילונית היא תרבות שבה תנאי האמונה משתנים כל העת, ובמקביל עולה הצורך במשמעויות קיומיות ובתחושות שייכות שמספקות הדתות.
הגישה האינטרדיסציפלינרית של התמה מבקשת להציע מושגים חדשים, לשפוך אור על תופעות שונות הקשורות לדת ולחילון ולהציע הגמשה והרחבה של האופן שבו נהוג לחשוב על הוויכוח הדתי–חילוני. התמה מתמקדת בשני תחומי מחקר עיקריים: ראשית, ניתוח המתחים בין דת לחילוניות בחברה פוסט-חילונית וחתירה להבנה מעמיקה שלהם; ושנית, בחינת תופעות כמו קדושה, מסירות, דבקות, התעלות וקודש בחברה בת זמננו והבנת משמעותן בימינו. הניתוח של קטגוריות אלו נעשה באמצעות חקר הביטויים השונים שלהן – במרחב, בטקסטים, בזמן, בחפצים, בחוויות, בגוף ובטקסים.
בין השאלות שהתמה עוסקת בהן: כיצד הדתות המסורתיות משתנות? מי קובע מהי כפייה דתית? מה נותר, אם בכלל, מהחילוניות בחברה הפוסט-חילונית? האם יש מקום למושגים כמו הצורך של קבוצות ב"אקלים דתי", והאם ניתן להתנגד לכך בשם הזכות לחופש מדת? מהם המקורות הנוצריים למונחים "דת" ו"חילוניות", וכיצד מקורות אלו משפיעים כיום על מדינות לאום שונות? האם יש טעם לדבר על הפרדת הדתיות מן הלאומיות, או הדת מן המדינה, בהקשר הישראלי? מה המשמעות של החילוניות בקרב הציבור הערבי הישראלי? כיצד פועלים טקסים, טקסטים, חוויות ומעשים הנובעים מקטגוריות של מסורת (למשל, ברית מילה ביהדות ובאסלאם; קברים קדושים וקמעות; מילים, פסוקים ושפה קדושה) בעולם הפוסט-חילוני? מה קורה כאשר נוהגים דתיים מתנגשים עם אידיאולוגיות "קדושות" לא מסורתיות כמו זכויות אדם, למשל? מהן המשמעויות התרבותיות והפוליטיות העדכניות של מושגים כמו הקרבה, דבקות, או יראה?